Sparta Prague

Hušbauer khởi nghiệp bóng đá tại Sparta Prague. Anh có trận đầu tiên tại giải vô địch quốc gia Czech 2. Liga 2007–08 đối đầu với Vysočina Jihlava.[1] Năm 2008, anh bị bán cho câu lạc bộ FK Viktoria Žižkov và thi đấu ở đây một mùa giải. Ở mùa 2009–10 anh bị đen cho mượn tới 1. FK Příbram. Năm 2010, Hušbauer chuyển đến câu lạc bộ Baník Ostrava và thi đấu ở đây một mùa trước khi bị bán cho Sparta Prague.[2]

Hušbauer đầu quân cho câu lạc bộ Cagliari của Ý dưới dạng cho mượn vào tháng 1 năm 2015.[3] Tuy nhiên anh chỉ chơi hai trận đấu dưới quyền huấn luyện viên Gianfranco Zola, và không chơi thêm trận nào nữa cho đội một sau khi Zola bị thay thế bởi Zdeněk Zeman, qua đó cắt ngắn quãng thời gian chơ mượn và trở về Sparta.[4] Ở mùa thu Giải bóng đá vô địch quốc gia Séc 2015–16, Hušbauer rời đột một gồm 11 cầu thủ của Sparta Prague và chỉ chơi đủ 2 trận trong tổng số 15 trậnd dược đá.[5]

Slavia Prague

Hušbauer ký hợp đồng với đối thủ của Sparta Prague là câu lạc bộ Slavia Prague vào tháng 12 năm 2015 với mức phí được cho là 15 triệu CZK.[6] Ngày 9 tháng 5 năm 2018, anh thi đấu giúp Slavia Prague chiến thắng trận chung kết Cúp bóng đá Séc 2017–18 trước Jablonec.[7]

Tháng 1 năm 2020, Hušbauer gia nhập câu lạc bộ Dynamo Dresden ở giải 2. Bundesliga dưới dạng cho mượn cho đến hết mùa giải 2019–20. Dresden cũng gắn kém điều khoản mùa đứt anh.[8]

Anorthosis Famagusta

Ngày 24 tháng 7 năm 2020, Hušbauer đầu quân cho câu lạc bộ Anorthosis Famagusta của Síp với bản hợp đồng có thời hạn hai năm kéo dài đến tháng 5 năm 2022.[9]